自2016年10月小城镇环境综合整治工作启动以来，上垟乡牢牢把握机遇，以小城乡环境综合整治为契机，以全民治水、科学治水为目标，多措并举，狠抓落实，于2017年成功创建市级卫生乡镇，2018年入围小城镇环境综合整治省级样板名单。

一是“对症”治水，打好水质保持攻坚战。长潭水库六大入库溪流有三条位于上垟乡，考虑到上垟河道数量多、重要性高，为做好水质保持工作，上垟乡针对全乡河道编写了一河一策，推进全乡治水工作的有序开展。在立足治水工作的同时，积极开展河道综合整治项目，投入3900万元开展长潭水库退塘还库生态修复工程、上垟溪入库溪流生态修复工程、湖滨缓冲带生态修复工程，投资2000多万元修建防洪堤8000余米、拦水坝15条。

二是河岸同治，打好治理成效保卫战。对乡内沿街商铺的生活污水实现截污纳管，并针对小吃店、餐饮店等修建了隔油池或安装油水分离器。关停养殖场25个，基本完成畜禽散养户污水治理工作。同时，该乡积极推进河道清淤修复、河道及两岸绿化工程、水利设施更新完善工作，小微水体累计完成清淤40万立方米。