随着互联网医疗技术的兴起，远程诊疗的模式也成为医疗领域的新发展形态，互联网拉近了医生、医院、药点和患者之间的距离，给患者带来便利的同时，一些矛盾也逐渐凸显出来。

一是医保支付不支持“互联网”就诊，在某些方面也限制了互联网医疗的发展。2018年医保局成立以来，各省、市、县（区、市）都掀起支付方式改革的浪潮，各种医保控费措施应运而生，各级医保部门面层层层的控费考核的压力。医疗加上了互联网，就可能手指头一点，费用就产生了，这时候如果滥用某些服务，就会导致费用暴增。因为互联网的全球性特征，医保部门监管起来难度很大，虽然国家积极推进互联网医保的发展，但近期医保支付互联网就诊是不能实现的，而且近年来全民医保、医保报销比例逐年增加、医保政策愈加优惠，医保就诊已经成为了普通的老百姓生活中不可或缺的一部分，因此去医院就医仍然是老百姓的第一选择。

二是网络问诊资深专家依旧抢手，网络问诊的及时性和互动性，限制了网络问诊的深度发展。随着生活水平的提高，人们对高质量的医疗服务需求越来越多，中国优质的医生资源往往被公立大医院所占有。三甲医院专家每天疲于本院手术门诊，无暇顾及互联网的问诊，有些名医一个月只有一两天可以在线答疑，更多的名医在线时间固定，但大多在凌晨或者更晚的时间，这些现象在一定程度上制约了病情紧急的病患和情况复杂的病患的需求，大家更倾向于选择直接去医院就诊。

三是网络医生素质良莠不齐，缺乏科学的准入体制。许多网站追求医生资源规模，不弄虚作假已经算有职业良知了，根本舍不得剔出不够尽职尽责的医生。在对待优质医生资源时，在线问诊平台往往对名医求之不得，对其在线问诊质量究竟如何平台也根本不敢施加压力。例如，一些用户会看到大量的优秀医生，都仅仅是象征性的回复“请看我其他文章”或者“请到本院就诊”。尤其当在线问诊本身对医生带来的收益有限时，更难有动力令他们高度负责地答复提问。

四是医疗信息安全保障难度加大。互联网技术逐渐改变原有的医疗模式，将原来医院与医院之间、医生与医生间、医生与居民间的信息孤岛有效的连接起来，提升医疗资源的利用效率。但在信息安全问题日益严重的情况下，保证患者的个人医疗信息难度就提升了。比如说杭州一家科技公司利用其与医疗机构的合作关系，通过权限便利、系统漏洞等，从浙江某疾病预防控制部门网站非法下载接种疫苗儿童及其家长个人信息，后贩卖获利。该案的涉案人员达39人，贩卖的个人医疗信息达到390万条。